本平台由国家药品监督管理局药品审评中心代行创建，是基于我国“药物临床试验数据库”而搭建，此后网络平台和数据库的维护和管理均由该单位负责和管理。该单位将定期或不定期根据用户反馈的问题以及建设目标对平台进行完善。

2012年11月19日，药审中心发表新闻“关于试行药物临床试验信息登记的通知”，随同发布《药物临床试验登记填写指南》，用于指导试验登记操作和专业化问题，从而正式进入平台试行期，登记人可以开始登记。试行期内，2012年1月1日之后获得临床批件的临床试验可以登记。

2012年12月29日，药审中心发表新闻“药审中心设立《临床试验登记与公示平台》技术服务电话专线”，发布了网络操作和登记操作相关的技术服务专线；

2013年7月9日，药审中心发表新闻“规范药物临床试验数据管理工作的实施方案”，其中提出了平台建设的近期工作目标和内容。

2013年9月6日，原国家食品药品监督管理总局通过其官网发布了2013年第28号公告：“关于药物临床试验信息平台的公告”，强制要求凡获国家食品药品监督管理总局临床试验批件并在我国进行临床试验（含生物等效性试验、PK试验、I、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期试验等）的，均应在本平台进行登记与信息公示。公告中对登记时限等提出明确要求。

2013年10月9日，药审中心官网发布新闻——关于临床试验登记的有关说明，进一步落实和解释了总局28号公告的要求，同时说明了药审中心正在积极完善新平台，并请相关人士密切关注平台项目工作进展。

2013年11月25日，独立的“药物临床试验登记与信息公示平台”网站上线，其不依赖于药审中心官网和申请人之窗进行登记操作。同时试行版平台关闭，但仍可通过药审中心官网的相关链接进入新平台。

2015年12月1日，原国家食品药品监督管理总局发布《国家食品药品监督管理总局关于化学药生物等效性试验实行备案管理的公告》（2015年第257号），即日“化学药BE试验备案信息平台”模块在“药物临床试验登记与信息公示平台”网站上线运行。同时为了保证备案登记人身份真实，确保提交资料信息的真实有效，备案用户的认证，共享使用药审中心网站“申请人之窗”栏目的实名ukey账户进行登录备案操作。

根据2019版《药品管理法》及2020版《药品注册管理办法》相关要求，结合原登记平台使用过程中的常见问题，于2020年初启动系统升级和功能改造。新平台将“药物临床试验登记与信息公示平台”与“化学仿制药生物等效性与临床试验备案信息平台”进行合并。同时为了保证申请人身份真实，确保登记信息的真实有效，新平台使用药审中心网站“申请人之窗”栏目的实名ukey账户进行登录，原体系账号需与“申请人之窗”账号进行绑定。“申请人之窗”账号登录成功后可进行登记、转让、授权、申请修改、备案等操作，原体系账号登录成功后仅支持登记试验查询、账户对接功能。