如何解读NGS“阴性报告”?

未分类 5个月前 admin
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NGS(二代测序)已经成为中国肿瘤临床医生常用的检测工具,中国临床肿瘤学会(Chinese Society of Clinical Oncology ,CSCO)肿瘤生物标志物专家委员会发布的第1个 NGS 临床应用调研显示,大于 30%的肿瘤 科医生每月 NGS 检测量超5个。在所有的NGS报告中,阴性报告往往被患者认为是“白做检测”、“没有意义”,那么,在临床中,阴性报告真的代表了没有任何变异吗?


2021年发布的《二代测序临床报告解读指引》(以下简称《指引》)中,对于“阴性报告”给出了如下的定义:即一份样本未能检出任何肿瘤体细胞突变 。《指引》指出面对阴性报告需要从送检样本和NGS panel两方面来考虑。
1、送检样本DNA总提取量和/或肿瘤占比

“送检样本是肿瘤组织、外周血循环游离DNA(circulating free DNA,cfDNA)或其他;结合样本质控信息及患者治疗史,综合判断样本中是否含有足够肿瘤成分,DNA 总提取量和/或肿瘤占比是否可能低于 NGS 的 LOD”——《二代测序临床报告解读指引》

思路迪医学检验所,年检测样本>60000份,每一份样本上机前都会经历严格的7道质量控制标准,未达到质控标准的样本全部退检或重新送样。有效避免了因为样本DNA总提取量和/或肿瘤占比低于NGS的LoD而引起的阴性报告的可能性。

如何解读NGS“阴性报告”?2、NGS panel类型的选择

“选择的NGS panel(尤其是仅包含数个至数 十个基因热点区域的小panel)是否与患者的肿瘤类型相匹配,即该肿瘤常见变异是否能被该panel覆盖。比如一份血检全阴报告,采用panel针对泛癌设计、覆盖上百基因的热点区域,对目标癌种常见变异的覆盖度>90%,此时的全阴,很可能仅提示肿瘤全身负荷较低或其他原因(如患者正接受有效的抗肿瘤治疗)导致释放入血的循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)含量极低、未达检测平台的LOD。这种“全阴”不能反映肿瘤基因组变异状态,仅能提示“基因突变状态未知”。当然,这种血检全阴报告可以提供突变谱以外的其他信息,在特定场景下提示一定的预测、预后价值。”——《二代测序临床报告解读指引》

当检测报告全阴性时,思路迪有严谨的追溯与复审流程,以此来排除因为技术等原因造成的“假阴性”。以晚期NSCLC为例,晚期NSCLC驱动基因变异AF低至0.14%[1],由此可见,panel基因覆盖的广度(基因数)和测序深度,对于低频突变的检出率起到至关重要的作用。
思路迪OK伴侣产品,实现所有外显子全长覆盖,采用高密度叠瓦式设计,每个区域至少2层探针覆盖,两端外延60bp,确保外显子的3/5端完全覆盖,双重保证无漏检。血检采用35000×饱和式测序,与10000×相比可多检出36%的ctDNA低频突变位点,其中,37%与用药、耐药及预后相关。
如何解读NGS“阴性报告”?如何解读NGS“阴性报告”?那么,除了《指引》中指出的从送检样本和NGS pane两方面来考虑阴性报告外,突变类型和假阳性也是我们需要关注的问题。
3、临床意义不明变异(vous)常被误认为“阴性报告”

如何解读NGS“阴性报告”?图. 变异的分类——ACMG标准和指南
在报告呈现中,有致病性变异(MUT)和可能致病性变异(VLM)是最直观的阳性报告,尤其是驱动基因的MUT和VLM,常适配有相应的靶向药/免疫药。但若发现没有以上两种变异类型的结果,也不要着急下阴性报告的结论,还有一种变异类型也不容忽视,那就是——临床意义不明变异(VOUS),这类变异是指现有的研究未能阐述该变异的功能影响或临床意义,后续的科学研究发展,可能提供证据说明这类变异的临床意义;此外,这些缺乏证据的临床意义未明变异,也可能成为临床科研转化的方向。
思路迪在报告撰写方面,除了参考ACMG标准和指南外,同时会使用自建数据库,自建数据库相比公共数据库在数据注释方面更加全面和准确 。
如何解读NGS“阴性报告”?4、真阳性vs假阳性?

有些临床NGS报告中会报出数页突变频率低于1%、甚至是低于0.1%的低频变异,这些变异到底是真阳性?还是测序过程中引入的错误呢?
这里就不得不再重申LoD的概念,LoD是指在该检测下限重复20次检测其中19次都能稳定检出相同的变异,例如思路迪的OK伴侣LoD达到0.1%,则突变频率>0.1%的变异,我们都能稳定检出、确认为真阳性。
但重复20次仅能偶尔检出几次的低频变异,不能被认为“稳定检出”,这样的变异则不能被用于指导临床治疗决策。
思路迪Super-Seq技术采用35000×饱和式测序,与10000×相比可多检出36%的ctDNA低频突变位点,其中,37%与用药、耐药及预后相关,且使用三重降噪技术,实现真正的LoD为0.1%,检测结果真正实现又全又准,稳定可靠。
如何解读NGS“阴性报告”?
图. 思路迪Super-Seq技术

参考文献
[1] Ann Oncol, 2019, Apr 1,30(4):597-603.
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本篇文章来源于微信公众号: 思路迪

版权声明:admin 发表于 2021-04-13 11:00:00。
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